Последствия хозяйственной деятельности человека несут угрозу экосистеме уникального озера. В последние годы, несмотря на закрытие больших производств и ликвидацию исторически накопленного ущерба, учёные отмечают рост концентраций вредных и токсичных органических и неорганических веществ в его водах.
Попадая в грунтовые слои в прибрежной зоне и непосредственно в Байкал и впадающие в него реки, неочищенные стоки от промышленных объектов и населённых пунктов дают питательные вещества для цветения водорослей и размножения болезнетворных микроорганизмов, которые негативно влияют на уникальную флору и фауну Великого озера. Чтобы это предотвратить, необходимо оперативно выявлять и пресекать такие ситуации.